가출을 한 후 평소에 자주 가던 이상한 빵집 ‘위저드 베이커리’로 도망친다. 위저드 베이커리의 점장과 계산대의 소녀는 주인공을 오븐 속으로 숨겨준다. 하지만 오븐 속에 들어가 보니 이상한 방이 나오고 주인공은 그 곳의 점장은 마법사이고 계산대의 소녀는 파랑새인 것을 알게 된다. 주인공은 그곳에서 지내는 조건으로 위저드 베이커리의 홈페이지를 관리하게 된다. 그곳에 지내며 마법이 걸린 물건을 샀다가 안 좋은 결과를 가져온 손님을 보기도 하고 안 좋은 일에 휩쓸리기도 한다.
그리고 위저드 베이커리는 한 손님에 의해 고발당해 주인공은 떠날 준비를 한다. 주인공이 떠날 것을 고민하는 동안 배 선생이 위저드 베이커리에 사랑을 저주할 수 있는 부두인형을 주문한다. 주인공은 부두인형의 대상이 자신이라는 것을 알고 직접 부두인형을 들고 가 배 선생과 맞서기로 한다. 집에 도착한 주인공은 자신의 아버지가 배 선생의 딸을 성추행하고 있는 장면을 목격하고, 곧이어 들어온 배 선생도 그 장면을 목격하고 날뛰기 시작한다. 배 선생은 아버지와 싸우다가 주인공에게 달려들고 주인공은 위저드 베이커리를 떠날 때 점장이 준 타임 리와인더를 사용하려고 한다. 그리고 이곳에서 두 가지 경우로 갈라진다. 타임 리와인더가 작동했을 경우에는 배 선생과 아버지가 결혼하기 전으로 돌아간다. 하지만 주인공은 아무것도 기억하지 못하고 살아간다. 또 다른 경우는 배 선생이 타임 리와인더를 작동시키는 것보다 빨라 주인공은 배