청주시의회 농업정책위원회(위원장 이우균, 이하 농업정책위)는 10월 23일 오전에 열린 제47차 임시회에서 집행부가 제출한 ‘양서류생태공원 관리·운영 민간 위탁 동의안’을 부결시켰다. 
청주시의회 농업정책위의 이번 결정은 두꺼비생태공원 민간 위탁 운영에 대한 종합적인 실태 파악이나 담당자 의견을 배제한 채 이뤄져 ‘졸속’ 결정이라는 비판을 피할 수 없게 됐다. 일례로 예산 집행의 경우, 민간위탁 업체는 분기별 예산서를 공원 관리과에 제출하여 예산 과목을 승인받은 후 집행했고, 변경될 경우 예산변경신청서를 제출하여 승인받은 후에 집행된다. 민간 위탁자가 맘대로 예산을 사용할 수 없는 구조라는 것이다. 또한 시니어 어르신과 장애인 당사자들이 두꺼비생태공원과 문화관 에서 활동한 것도 담당자 의견을 배제하여 생겨난 오해이다. (사)두꺼비친구들은 2008년 청주 수곡시니어클럽(현 서원시니어클럽)과 협약을 맺어 일자리가 필요한 어르신들에게 생태공원 관리에 참여하게 했으며, 2009년에는 혜원장애인종합복지관과 협약하여 장애인 당사자들이 지역사회에 참여할수 있는 길을 열어왔다.
또한 청주시의회 농업정책위 판단과 달리, 민간 위탁으로 운영된 두꺼비생태공원은 운영 효과가 매우 크다는 것이 중론이다. (사)두꺼비친구들은 2009년에 청주시와 정식으로 민간 위탁 업무를 체결한 이래 두꺼비생태공원과 두꺼비생태문화관을 도시 속생태공원의 전국적인 모범 사례로 만들었으며, 그런 성과를 토대로 청주시는 2016년에 자연환경대상에서 최우수상을 수상한 바 있다. 또한 올해 10월 22일 국회에서 열린 도시공원 일몰제 대응 토론회에서 두꺼비생태공원 사례를 대한민국 생태공원의 모델로 소개하기도 했다.

10월 30일 오전에는 청주시청 본관 앞에서 청주시의회 농업정책위의 민간위탁 부결을 재검토하라는 주민들의 기자회견이 열렸다. 이날 기자회견에서 지역주민 박선주씨는 "10월 23일 청주시 의회 농업정책위 안건 심사를 참관한 바 있는데, 두꺼비생태공원·문화관이 어떻게 주민들과 상생하고 있고 생태적 가치에 대해 얼마나 소통하고 있는가 하는 점은 폄하되었다. 생태공원의 가치 및 양서류의 생태성을 조사·관리하고 이를 전국에 전파하는 두꺼비생태공원의 현재 민간위탁 운영체제의 장점은 전혀 고려되지 않았다"고 비판했다. 주민 최영자씨는 "두꺼비친구들이 구룡산 보존 운동에 앞장 서서 밉보여 민간위탁이 부결된 것 같다"며 안타까움을 표현했다. 또한 주민 박은경씨는 “청주시민의 민의를 역행하고 있는 이번 결정에 심각한 우려를 표명하고 시민과 지역주민의 권익을 지키는 차원에서 농성 등 적극적인 대응으로 재검토하게 해야 한다.”고 목소리를 높였다.